会社売却の税金と手取り｜売り手が確認すべき税目・計算・対策

会社売却の税金は、売却価格だけを見ても判断できません。株式譲渡で会社を売るのか、事業譲渡で事業だけを売るのか、売主が個人株主なのか法人株主なのかによって、課税される人、税目、税率、手取りが大きく変わります。

中小企業の会社売却では、オーナー個人が保有する株式を売却する株式譲渡が多く使われます。この場合、個人株主には株式の譲渡益に対する所得税・住民税等がかかります。一方、事業譲渡では、売却代金を受け取るのは原則として会社であり、会社に法人税等や消費税が生じ、その後にオーナー個人へ資金を移す段階でも追加課税が問題になることがあります。

この記事では、会社売却を検討する売り手側の経営者・株主向けに、会社売却で発生する税金、手取り計算の考え方、株式譲渡と事業譲渡の違い、税務対策を検討する前に弁護士・税理士へ確認すべきポイントを整理します。売却価格そのものの考え方は、会社売却の相場・売却価格の決め方もあわせて確認してください。

執筆者：弁護士 坂尾 陽（企業法務・M&A担当）

会社売却の税金はスキームと売り手で変わる

会社売却で最初に確認すべきなのは、どのスキームで売るかです。同じ「会社を売る」という表現でも、税務上は、株式を売るのか、事業・資産を売るのか、組織再編を使うのかによって扱いが異なります。

会社売却の税務全体は、M&Aの税金とはで整理しています。本記事では、会社売却を検討する売り手が、スキーム選択と手取り確認のために押さえるべきポイントに絞って説明します。株式譲渡の税務詳細は株式譲渡の税金、事業譲渡の消費税・法人税の詳細は事業譲渡の税金・消費税を確認してください。

個人株主が株式譲渡で会社を売却する場合の税金

中小企業の会社売却で典型的なのは、オーナー個人が保有している対象会社株式を買い手へ譲渡する方法です。この場合、売却代金を受け取るのは対象会社ではなく株主個人です。対象会社の資産や契約は原則としてそのまま対象会社に残り、株主だけが変わります。

個人株主が株式を売却して利益が出た場合、原則として、株式の譲渡所得に対して所得税・住民税等がかかります。一般的には、所得税15％、住民税5％に、所得税額に対する復興特別所得税を加えた合計20.315％が目安として使われます。ただし、税率や付加税の内訳は税制改正で変わる可能性があるため、実行年度の最新法令を税理士に確認してください。

株式譲渡所得の基本計算

個人株主の株式譲渡では、課税対象になるのは売却代金そのものではなく、譲渡益です。基本的には、次のように計算します。

手取りを正しく把握するには、取得費を示す資料が重要です。設立時の払込資料、株式取得契約書、増資資料、相続・贈与で取得した場合の資料がないと、税額が想定より大きくなることがあります。売却検討の初期段階で、株主名簿、定款、登記、過去の増資資料、株式譲渡書類を確認しておきましょう。

株式譲渡では消費税は原則問題になりにくい

株式は有価証券に当たるため、株式そのものの譲渡については、消費税の課税対象とは別に扱われることが通常です。したがって、個人株主が株式を売る場面では、事業譲渡のように譲渡対象資産ごとの消費税を按分する問題は中心になりません。

もっとも、売主が法人である場合や、周辺取引として役務提供、退職慰労金、不動産譲渡、債権譲渡などが組み合わされる場合は、消費税・源泉徴収・印紙税・会計処理が問題になることがあります。株式譲渡だからすべて単純に終わるとは考えない方が安全です。

法人株主が株式譲渡で会社を売却する場合の税金

親会社、持株会社、資産管理会社などの法人が対象会社株式を保有している場合、その法人が株式を売却して得た利益は、法人の所得として扱われます。個人株主のように一律の申告分離課税で完結するのではなく、法人全体の損益、繰越欠損金、他の事業収益・費用、グループ内取引との関係で税額が変わります。

法人株主の場合、売却代金はまず法人に入ります。その資金を最終的にオーナー個人へ移すには、役員退職慰労金、配当、給与、清算分配など別の方法を検討することになり、その段階でさらに所得税等が問題になります。したがって、法人株主が売主となる会社売却では、「法人に残る手取り」と「オーナー個人に残る手取り」を分けて確認する必要があります。

法人株主の手取りで確認すべきこと

法人株主が売主の場合、税務だけでなく、会社法上の意思決定、利益相反、株主総会・取締役会の手続、グループ会社間の資金移動も問題になります。法人に資金を残すのか、個人に移すのかで最適な設計は変わるため、税理士だけでなく、契約・会社法手続を扱う弁護士とも早めに連携する必要があります。

事業譲渡で会社・事業を売却する場合の税金

事業譲渡は、会社の株式ではなく、会社が営む事業、資産、契約、従業員、許認可などを個別に移転する方法です。売却代金を受け取るのは、オーナー個人ではなく売却会社です。そのため、売却益は売却会社の所得として法人税等の対象になります。

事業譲渡では、譲渡対象資産の内訳も重要です。棚卸資産、機械設備、営業権・のれんなどの課税資産には消費税が問題になります。一方、土地や有価証券など、消費税の非課税取引として扱われる資産もあります。契約書で譲渡対価を一括で定める場合でも、税務上は資産ごとの内訳を整理する必要があります。

事業譲渡の税金で確認する主な論点

事業譲渡の法務上の基本は、事業譲渡とはで整理しています。会社全体ではなく一部事業を売る場合は、事業売却とはも参考になります。事業譲渡では、税金だけでなく、契約の個別承継、従業員の転籍同意、許認可、取引先承諾も手取りとクロージング可能性に影響します。

会社売却の手取り計算の基本

会社売却で売り手が知りたいのは、最終的に手元に残る金額です。手取りは、売却価格から税金と費用を差し引いて考えます。ただし、株式譲渡か事業譲渡かによって、誰の手取りを計算しているのかが変わります。

個人株主の株式譲渡の計算例

たとえば、個人株主が株式を1億円で売却し、取得費が500万円、譲渡費用が500万円だった場合、譲渡所得は9,000万円です。税率を20.315％として単純計算すると、税額は1,828万3,500円となります。

上記は単純化した例です。実際には、株式の取得費、相続・贈与の経緯、複数株主、分割払い、アーンアウト、エスクロー、専門家費用の扱い、税制改正の影響を確認する必要があります。

事業譲渡の計算例

事業譲渡で1億円の譲渡対価を得たとしても、その1億円がそのままオーナー個人の手取りになるわけではありません。売却会社に譲渡益が発生し、法人税等が課税されます。さらに、課税資産には消費税がかかります。

会社売却の手取りを比較するときは、売却価格、税金、費用、支払時期、補償責任、保証解除、売却後の資金移転をまとめて見ます。会社売却にかかる費用全体は、M&Aにかかる費用も確認してください。

税金と手取りを左右する契約条件

会社売却の税金は、税法だけでなく、契約条件によっても実質的な手取りが変わります。最終契約で価格、支払方法、補償、価格調整、クロージング後の精算をどう定めるかによって、売主がいつ、いくら受け取り、どのリスクを負うかが変わるためです。

価格調整・ネットデット・運転資本

株式譲渡では、クロージング時点の現預金、有利子負債、運転資本、未払金などをもとに、売買価格を調整することがあります。基本合意時の価格だけを見て手取りを計算していると、クロージング後に価格が下がることがあります。価格調整条項の考え方は、M&A価格調整条項を確認してください。

分割払い・アーンアウト・エスクロー

買い手が売買代金を一括で支払わず、分割払い、アーンアウト、エスクローを求めることがあります。この場合、売却価格が高く見えても、実際に回収できる時期や金額に不確実性が残ります。税務上も、収入計上時期、貸倒れ、条件付き対価の扱いなどを確認する必要があります。

表明保証・補償・未払税金

買い手は、過去の税務申告、未払税金、税務調査リスク、消費税処理、源泉徴収、社会保険、簿外債務について、表明保証や補償条項を求めることがあります。売主が契約上重い補償責任を負う場合、見かけの売却価格が高くても、売却後に補償請求を受けて実質手取りが減る可能性があります。

未払税金や簿外債務がM&A後に問題になる場面は、簿外債務とはで整理しています。売り手側では、税務リスクを隠すのではなく、開示、価格、補償上限、請求期間、免責額でどう処理するかを検討することが重要です。

役員退職慰労金・自己株式取得・みなし配当

会社売却では、オーナー経営者への役員退職慰労金、自己株式取得、配当、清算分配などを組み合わせることがあります。これらは手取りを調整する選択肢になり得ますが、金額の相当性、会社法上の手続、源泉徴収、みなし配当、同族会社間取引、税務否認リスクを確認する必要があります。

会社売却前に税金を抑えるため確認すべきこと

会社売却の税金を適切に抑えるには、売却価格が固まってから税理士に相談するのでは遅いことがあります。売却スキーム、代金の受け取り方、役員退職金、譲渡費用、消費税、株主構成、取得費資料は、基本合意前から確認しておくべきです。

税金だけを見てスキームを決めると、買い手が承継を拒む、契約承諾が取れない、従業員の同意が必要になる、許認可が再取得になるなど、法務・実務上の問題で取引が止まることがあります。会社売却の流れ全体は、会社売却の流れと準備で確認してください。

借入金や経営者保証がある場合は、税引後の手取りだけでなく、金融機関への返済、保証解除、担保抹消、個人保証の差替えも確認する必要があります。詳しくは、会社売却で借金・借入金・経営者保証はどうなるかを参考にしてください。

弁護士と税理士の役割分担

会社売却の税金は、税理士だけに任せればよいというものでも、弁護士だけで完結するものでもありません。税額計算、申告、会計処理、消費税区分は税理士が中心になります。一方で、売却スキーム、契約条項、表明保証、補償、価格調整、株主・会社法手続、買い手との交渉は弁護士の関与が重要です。

仲介会社やFAが示す概算手取りは、前提条件を置いた簡易試算であることがあります。税務申告に耐える正式な税額計算、契約条件による手取り変動、売却後の補償リスクは、税理士・弁護士の双方で確認しましょう。

会社売却の税金に関するよくある質問

会社売却の税率は何％ですか

個人株主が株式を売却する場合、譲渡益に対して所得税・住民税等を合わせた税率が問題になります。一般的には20.315％が目安として使われます。ただし、法人株主の株式譲渡、事業譲渡、組織再編、役員退職金、配当などでは税率や課税関係が変わるため、会社売却全体を一律何％とはいえません。

会社売却で消費税はかかりますか

株式譲渡では、株式の譲渡自体について消費税は原則として中心的な問題になりません。一方、事業譲渡では、譲渡対象に課税資産が含まれる場合、消費税が問題になります。譲渡対価を税込で合意するのか税抜で合意するのか、資産ごとの内訳をどう定めるのかを契約段階で明確にしてください。

会社売却の手取りはどう計算しますか

個人株主の株式譲渡では、売却代金から譲渡費用と税金を差し引いて現在の手取りを見ます。税金は、譲渡価額から取得費と譲渡費用を差し引いた譲渡所得をもとに計算します。事業譲渡では、まず売却会社に残る金額を計算し、その後にオーナー個人へ資金を移す方法ごとに追加課税を確認します。

税金を抑える方法はありますか

株式譲渡と事業譲渡の比較、取得費資料の確認、譲渡費用の整理、役員退職慰労金、配当、清算、価格配分、売却時期の検討などが考えられます。ただし、実態を伴わない税金対策や、会社法手続・契約条件を無視した設計は危険です。税務上の有利不利だけでなく、買い手が受け入れるか、契約として安全かを確認してください。

役員退職金を使えば必ず節税になりますか

必ず節税になるわけではありません。役員退職慰労金は、金額の相当性、株主総会決議、会社の支払能力、法人税・所得税・源泉徴収、買い手との価格交渉への影響を確認する必要があります。過大な退職金は税務上否認されるリスクもあるため、税理士・弁護士で慎重に検討してください。

合同会社を売却する場合の税金はどうなりますか

合同会社には株式がないため、持分譲渡、事業譲渡、組織再編などの方法を検討します。持分譲渡の税務は株式会社の株式譲渡と似た考え方で整理されることがありますが、社員構成、定款、持分払戻し、みなし配当、会社法手続が異なります。合同会社を売却する場合は、早めに専門家へ確認してください。

売却後に税務調査で問題が出たら誰が負担しますか

誰が負担するかは、最終契約の表明保証、補償条項、開示資料、税務負担条項によって変わります。過去の税務リスクを売主が一定期間補償する合意をすることもあります。売主側では、未払税金や申告漏れの可能性を売却前に確認し、補償上限、請求期間、免責額を契約で調整することが重要です。

まとめ

会社売却の税金と手取りは、売却価格だけでは判断できません。株式譲渡か事業譲渡か、売主が個人か法人か、売却代金を誰の手元に残すのかによって、課税される税金と最終的な手取りは大きく変わります。

会社売却を検討する段階では、希望価格だけでなく、税引後手取り、売却後の責任、経営者保証解除、未払税金の有無、契約条件を同時に整理することが重要です。売却条件が固まる前に税務・法務の前提を確認しておくことで、交渉途中で手取りが大きく下がるリスクを抑えやすくなります。

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