株式譲渡と事業譲渡の違い｜売り手・買い手の判断軸と選び方

株式譲渡と事業譲渡は、どちらも中小企業のM&Aでよく使われる手法ですが、法的な構造は大きく異なります。株式譲渡は、売り手株主が株式を買い手に譲渡し、買い手が会社の支配権を取得する方法です。事業譲渡は、会社が特定の事業を構成する資産・契約・従業員・許認可などを選んで、買い手に移転する方法です。

そのため、同じ「会社を売る」「事業を売る」という場面でも、誰が対価を受け取るのか、負債や簿外債務をどこまで引き継ぐのか、取引先契約・従業員・許認可をどう扱うのか、税務上の手取りがどう変わるのかが違います。制度の詳細は、株式譲渡とは、事業譲渡とはで確認できますが、この記事では両者を同じ比較軸で整理します。

株式譲渡と事業譲渡のどちらが有利かは、売り手・買い手の立場、承継したい範囲、避けたいリスク、税務、従業員・許認可対応、クロージングまでの時間によって変わります。M&A手法全体の中での位置づけから確認したい場合は、M&Aの種類・手法（スキーム）も参考にしてください。

執筆者：弁護士 坂尾 陽（企業法務・M&A担当）

株式譲渡と事業譲渡の違いを一言でいうと

株式譲渡と事業譲渡の違いを一言でいうと、「会社の株主を変えるのか」「会社から特定の事業だけを取り出して移すのか」の違いです。

基本構造の違い

株式譲渡は株主が変わるだけで会社は残る

株式譲渡では、売り手株主が保有株式を買い手に譲渡します。買い手は株主となり、議決権を通じて対象会社を支配します。対象会社の法人格自体は変わらないため、会社名義の売買契約、賃貸借契約、雇用契約、許認可、借入金、訴訟リスク、未払債務などは、原則として対象会社に残ります。

そのため、株式譲渡では「対象会社をそのまま取得できる」ことが大きな利点です。他方で、対象会社の過去から現在までのリスクも会社内に残るため、買い手は法務デューデリジェンス（法務DD）、財務DD、税務DDで、簿外債務、偶発債務、未払残業代、訴訟、重要契約、許認可、株主関係を確認する必要があります。

事業譲渡は会社から事業を切り出して移す

事業譲渡では、譲渡会社が保有する事業の全部又は一部を、譲受会社に譲渡します。譲渡対象は、契約書で定めた資産、在庫、設備、知的財産、契約、従業員、顧客関係、ノウハウ、債権債務などです。

事業譲渡は、法定の包括承継ではなく、個別承継を基本とする手法です。資産ごとの引渡し、契約ごとの同意、従業員ごとの移籍同意、許認可ごとの再取得・届出・承認などを確認します。特定事業だけを買いたい場合には柔軟ですが、承継漏れがあると、クロージング後に「重要契約が移っていない」「従業員が移籍しない」「許認可が使えない」という問題が起きます。

「会社譲渡」と「事業譲渡」は同じではない

実務では「会社譲渡」という言葉が使われることがありますが、多くの場合、会社の株式を譲渡して経営権を移す株式譲渡を指します。これに対し、事業譲渡は会社の一部又は全部の事業を移す取引であり、会社の株主が当然に変わるわけではありません。

したがって、「会社を売りたい」のか、「会社は残して一部事業だけを売りたい」のかを、最初に言語化することが重要です。売却後も譲渡会社を残して別事業を続ける予定がある場合、株式譲渡よりも事業譲渡の方が目的に合うことがあります。

株式譲渡と事業譲渡の比較表

次の表は、売り手・買い手が最初に確認すべき主要な違いを整理したものです。実際には、対象会社の株主構成、事業内容、許認可、金融機関対応、税務、労務、取引先との関係によって結論が変わります。

売り手から見たメリット・デメリット

株式譲渡の売り手側メリット

売り手株主から見ると、株式譲渡の最大のメリットは、会社全体を一括して売却しやすいことです。会社の資産、契約、従業員、許認可、取引先関係は対象会社に残るため、個別の名義変更や契約移転の負担を抑えながら、経営権を買い手に移せます。

もっとも、株式譲渡では、売り手が「会社の中身」を買い手に引き渡すことになります。そのため、買い手は対象会社の簿外債務、税務リスク、未払残業代、訴訟、重要契約違反、許認可違反などを厳しく確認します。売り手は、表明保証、補償、価格調整、エスクロー、責任制限などの条項で、どこまで責任を負うかを交渉する必要があります。

株式譲渡の売り手側デメリット

事業譲渡の売り手側メリット

事業譲渡は、会社を残しながら、特定の事業だけを売却したい場合に向いています。たとえば、不採算部門を整理したい、ノンコア事業を売却して主力事業に集中したい、店舗・部門・ブランドだけを譲渡したい、スポンサーに一部事業を引き継いでもらいたいといった場面です。

ただし、事業譲渡では、譲渡会社が対価を受け取るため、オーナー個人が直ちに売却代金を受け取る構造ではありません。オーナー個人の手取りを重視する場合は、事業譲渡後の配当、役員退職金、株式譲渡などを含めた全体設計が必要になります。

事業譲渡の売り手側デメリット

買い手から見たメリット・デメリット

株式譲渡の買い手側メリット

買い手から見ると、株式譲渡は、対象会社の取引基盤、人材、許認可、ブランド、顧客関係をそのまま引き継ぎやすい手法です。会社の法人格が変わらないため、個別契約の再締結が不要な場面が多く、事業の連続性を保ちやすくなります。

株式譲渡の買い手側デメリット

株式譲渡の最大のデメリットは、対象会社に残っているリスクを引き受けやすいことです。買い手が取得するのは株式であり、個々の資産だけではありません。対象会社の未払金、簿外債務、税務リスク、労務リスク、訴訟、契約違反、許認可違反も、対象会社の中に残ります。

そのため、株式譲渡では、簿外債務や表明保証違反のリスクを前提に、DD、価格調整、補償条項、責任制限、クロージング前提条件を設計します。重要契約に支配権変更条項がある場合は、株式譲渡でも相手方同意が必要になることがあります。

事業譲渡の買い手側メリット

事業譲渡の買い手側メリットは、欲しい事業だけを選んで取得しやすいことです。不要な不動産、過剰債務、不採算部門、訴訟リスク、過去の税務リスクを原則として承継対象から外す設計ができます。

事業譲渡の買い手側デメリット

事業譲渡では、必要な契約や従業員が本当に移るかが最大の実務課題です。主要取引先が契約移転に同意しない、賃貸人が店舗賃貸借の地位移転を認めない、許認可が再取得できない、キーパーソンが移籍しない場合、買い手が想定した事業価値を取得できません。

税金・手取りの違い

株式譲渡と事業譲渡は、税務上の扱いも大きく異なります。ただし、税金は売り手が個人か法人か、対象会社が上場会社か非上場会社か、譲渡対象に不動産・棚卸資産・のれん・知的財産が含まれるか、グループ内取引か、適格組織再編にできるかによって変わります。ここでは、一般的な比較軸だけを整理します。

税務の詳細は、株式譲渡の税金、事業譲渡の税金・消費税、会社売却全体の手取りは会社売却の税金と手取りで確認してください。

従業員・取引先・許認可の違い

従業員の扱い

株式譲渡では、雇用主である会社は変わりません。したがって、従業員の雇用契約は原則としてそのまま継続し、株式譲渡だけで従業員個人の同意を取得する必要があるわけではありません。ただし、買い手による経営方針変更、役員交代、労働条件変更、配置転換、PMIによって従業員不安が生じるため、説明時期と説明内容は慎重に設計します。

事業譲渡では、従業員の雇用契約は当然には譲受会社へ移りません。譲渡会社を退職して譲受会社に入社する、新旧会社間で転籍同意を取る、労働条件を調整するなど、従業員ごとの対応が必要になります。特にキーパーソンが移籍しない場合、買い手が期待した事業価値を取得できないため、事業譲渡における従業員承継と労務トラブルを早期に確認する必要があります。

取引先契約・賃貸借契約の扱い

株式譲渡では、対象会社が契約当事者として残るため、契約は原則として継続します。ただし、重要契約に支配権変更条項、解除条項、事前承諾条項、競合禁止条項、譲渡禁止条項がある場合は、株式譲渡でも同意取得や通知が必要になることがあります。

事業譲渡では、契約上の地位や債権債務を譲受会社に移すため、契約相手方の同意が必要になることが多いです。主要取引先、店舗賃貸借、リース、フランチャイズ、代理店契約、システム契約、金融機関借入、保証契約は、承継方法を個別に確認します。重要契約の確認は、重要契約の法務DDの段階で洗い出すべきです。

許認可の扱い

株式譲渡では、許認可を保有する会社自体は変わらないため、許認可を維持できることがあります。ただし、業種によっては、役員変更、主要株主変更、支配株主変更、営業所変更、欠格事由、財産的基礎、管理者要件などの届出・承認・再審査が必要になる場合があります。

事業譲渡では、許認可が当然に譲受会社へ移るとは限りません。譲受会社が新たに許認可を取得する、事前承認を受ける、営業所や設備の基準を満たす、管理者を確保するなどの対応が必要です。許認可が事業継続の前提である場合、手法選択の初期段階で、許認可・規制・コンプライアンス調査を行うべきです。

簿外債務・表明保証・リスク承継の違い

株式譲渡は会社内リスクを引き継ぎやすい

株式譲渡では、買い手が取得するのは株式ですが、対象会社の法的主体はそのままです。したがって、対象会社に未払債務、保証債務、税務リスク、未払残業代、訴訟、環境リスク、製品責任、契約違反があれば、株式譲渡後も対象会社の問題として残ります。

買い手は、DDでリスクを確認したうえで、価格に反映する、クロージング前に解消させる、表明保証と補償条項で売り手に責任を負わせる、特別補償条項を設ける、エスクローや分割払いを使うなどの方法を検討します。売り手は、責任期間、上限額、免責額、知識限定、開示済み事項の除外を交渉します。

事業譲渡はリスクを切り分けやすいがゼロにはならない

事業譲渡では、買い手が承継する債務を契約で限定しやすく、過去債務や不要資産を譲渡会社に残す設計ができます。そのため、買い手が簿外債務を避けたい場合、事業譲渡が有力な候補になります。

もっとも、事業譲渡でもリスクがゼロになるわけではありません。譲受会社が承継した契約に関する債務、譲受後の営業に関する責任、商号・屋号・表示の継続による誤認リスク、従業員承継時の説明不足、債務免責の同意不足などが問題になることがあります。事業譲渡のトラブル類型は、事業譲渡・会社分割・事業承継M&Aのトラブルまとめも参照してください。

手続・スケジュールの違い

株式譲渡の主な手続

株式譲渡の手続は、対象会社の定款、株主名簿、株券発行の有無、譲渡制限株式かどうか、株主構成、金融機関契約、重要契約によって変わります。中小企業では、多くの株式に譲渡制限が付いているため、取締役会又は株主総会等による譲渡承認が必要になることがあります。

株式譲渡契約書の詳細は、株式譲渡契約書（SPA）とはで確認してください。

事業譲渡の主な手続

事業譲渡の手続では、譲渡対象を正確に特定することが出発点です。対象資産、対象契約、対象債権、対象債務、移籍対象従業員、許認可、知的財産、在庫、ITシステム、データ、商号・屋号、顧客リスト、譲渡対象外資産を一覧化します。

事業譲渡契約書の詳細は、事業譲渡契約書とはで確認してください。事業譲渡と会社分割を比較したい場合は、事業譲渡と会社分割の違いも参考になります。

裁判例から見る比較のポイント

株式譲渡と事業譲渡の比較では、制度の説明だけでなく、裁判例が示してきた実務上の注意点も重要です。以下の裁判例は、事業譲渡・株式譲渡の法的性質を理解するうえで参考になります。

事業譲渡は単なる資産売買ではない

最高裁大法廷昭和40年9月22日判決は、旧商法上の営業譲渡について、一定の営業目的のため組織化され、有機的一体として機能する財産の全部又は重要な一部を譲渡し、営業的活動を譲受人に受け継がせるものという考え方を示しました。現在の事業譲渡を考える場合も、単に備品や在庫を売るだけなのか、顧客関係・ノウハウ・従業員・取引関係を含む事業として移すのかを区別する必要があります。

この違いは、株式譲渡との比較でも重要です。株式譲渡では会社の中にある事業を会社ごと引き継ぎますが、事業譲渡では「どの事業を、どの範囲で、有機的一体として移すのか」を契約書で設計します。

重要な事業譲渡では会社法上の承認手続が問題になる

最高裁昭和61年9月11日判決は、営業譲渡契約について株主総会の特別決議を経ていない場合の無効主張と信義則が問題になった事案です。事業の全部又は重要な一部を譲渡する取引では、単に売買契約を締結すれば足りるのではなく、会社法上の承認手続を確認する必要があります。

中小企業のM&Aでは、代表者同士が合意していても、株主総会、取締役会、利益相反取引、重要財産処分、金融機関同意などが抜けることがあります。特に、役員・関係者への事業移転、スポンサーへの事業移転、事業再生型の譲渡では、承認手続と利益相反管理を軽視しないことが重要です。

株式譲渡では株券発行会社・株主名簿の確認が重要になる

最高裁令和6年4月19日判決は、株券発行会社の株式譲渡について、株券発行前の譲渡の当事者間効力や株券発行請求権の代位行使が問題になった事案です。中小企業では、登記簿上は株券発行会社のままなのに、実際には株券を発行していない会社が残っていることがあります。

株式譲渡では、株式譲渡契約書だけでなく、定款、登記、株主名簿、株券の発行状況、株主総会議事録、譲渡承認手続を確認する必要があります。株式を本当に移せるか、会社に対抗できるか、買い手が株主として権利行使できるかは、クロージング前に詰めるべき事項です。

目的別の選び方

株式譲渡と事業譲渡の選択では、「どちらが一般的か」ではなく、「今回の目的に合うか」を見ます。次の表は、実務上の典型的な判断軸です。

選択を誤りやすいケース

税金だけで株式譲渡を選ぶ

売り手オーナーの手取りだけを見ると、株式譲渡が魅力的に見えることがあります。しかし、買い手が対象会社の過去リスクを引き受けられない場合、株式譲渡では価格が大きく下がる、補償条項が重くなる、そもそも取引が成立しないことがあります。

同意取得の難しさを見落として事業譲渡を選ぶ

事業譲渡では、主要取引先、賃貸人、フランチャイザー、金融機関、従業員、行政庁の同意や届出が必要になりやすいです。対象事業の売上の大半を占める契約が移らない場合、事業譲渡の価値は大きく下がります。

株主・株券・名義株を確認せずに株式譲渡を進める

中小企業では、株主名簿が更新されていない、創業時の名義株が残っている、相続が未了、株券発行会社なのに株券が発行・保管されていない、譲渡承認手続が曖昧といった問題があります。株式譲渡では、誰が本当に株主か、何株を譲渡できるかを早期に確認します。

売却後の競業避止を詰めない

事業譲渡では、譲渡会社の競業避止義務や契約上の競業避止条項が問題になります。株式譲渡でも、売り手オーナーが売却後に同種事業を始めることを制限する条項が入ることがあります。売り手が別事業を継続する予定がある場合、期間、地域、対象事業、グループ会社・親族会社への適用範囲を明確にしてください。詳細はM&Aの競業避止義務・競業避止条項も参考になります。

契約書・DDで確認するチェックリスト

どちらの手法を選ぶ場合でも、契約締結前に、次のチェックポイントを整理しておくと、スキーム変更やクロージング延期を避けやすくなります。

契約書共通の考え方は、M&Aの最終契約書（DA）とはも参考になります。DD結果を契約・価格に反映する方法は、M&AのDD結果を契約・価格へ反映する方法で整理しています。

よくある質問

株式譲渡と事業譲渡はどちらが多いですか？

中小企業の会社売却では、会社全体を引き継ぎやすい株式譲渡が検討されることが多いです。ただし、特定事業だけを切り出す場合、不要な債務を残したい場合、買い手が欲しい事業を限定したい場合は、事業譲渡が選ばれます。

税金は株式譲渡と事業譲渡のどちらが有利ですか？

一概にはいえません。個人株主が株式を売る場合は株式譲渡の方が手取りを設計しやすいことがありますが、事業譲渡では会社に対価を入れられる、買い手側で資産取得やのれん処理を検討できるなど別の効果があります。税金だけでなく、価格、承継範囲、リスク、同意取得の可否を合わせて比較してください。

従業員の同意は必要ですか？

株式譲渡では雇用主である会社は変わらないため、株式譲渡そのものについて従業員個人の同意が当然に必要になるわけではありません。事業譲渡では雇用契約が当然に移るわけではないため、移籍・転籍について従業員本人の同意が必要になります。

簿外債務を避けたい場合はどちらがよいですか？

買い手が簿外債務を避けたい場合、承継対象を選べる事業譲渡が候補になります。ただし、重要契約や許認可が移らないと事業価値を取得できないため、事業譲渡が常に有利とは限りません。株式譲渡を選ぶ場合は、DD、表明保証、補償、価格調整でリスクを分担します。

許認可は株式譲渡なら必ず引き継げますか？

必ず引き継げるとは限りません。会社主体が同じため許認可を維持できることはありますが、許認可の種類によっては、役員変更、株主変更、支配権変更、欠格事由、財産的基礎などの届出・承認・再審査が必要です。許認可が重要な業種では、最初に行政庁・専門家へ確認してください。

事業譲渡と会社分割は何が違いますか？

事業譲渡は契約による個別承継が中心で、資産・契約・従業員・許認可を個別に移します。会社分割は会社法上の組織再編で、権利義務を包括承継させる設計ができます。個別同意の負担が重い場合は会社分割も候補になりますが、債権者保護、株主保護、労働承継、税務適格性を確認する必要があります。

売却後に売り手は同じ事業を続けられますか？

株式譲渡では、法定の競業避止義務が当然に発生するわけではありませんが、契約で競業避止条項が定められることがあります。事業譲渡では、法定競業避止義務や契約上の競業避止条項が問題になります。売却後に別事業を続ける予定がある場合は、契約締結前に対象事業、期間、地域、グループ会社への適用範囲を確認してください。

どちらを選ぶか迷う場合、最初に何を整理すべきですか？

最初に、売りたいもの・買いたいものを「株式」「会社全体」「特定事業」「特定資産」「従業員」「許認可」「契約」「債務」に分解してください。次に、承継したくないリスク、同意取得が必要な相手、税務上の手取り、クロージング期限を並べると、株式譲渡・事業譲渡・会社分割のどれを中心に検討すべきかが見えやすくなります。

まとめ

株式譲渡と事業譲渡の違いは、単に「株式を売るか、事業を売るか」という名称の違いではありません。売り手、買い手、承継対象、対価の受取人、契約・債務・従業員・許認可の扱い、税務、競業避止、手続負担が大きく変わります。

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