株式譲渡とは｜手続・メリット・デメリット・税金・注意点

株式譲渡とは、既存株主が保有する株式を買い手に譲渡し、買い手が対象会社の支配権や経営参加権を取得するM&A手法です。会社そのものは存続するため、会社名義の契約、許認可、従業員、資産、負債は原則として対象会社に残ります。

中小企業の会社売却では、事業譲渡や会社分割に比べて手続が比較的シンプルで、会社全体を移しやすいことから、株式譲渡が最初の候補になることが多いです。一方で、簿外債務、株主分散、譲渡制限株式、株券、株主名簿、重要契約の承諾、経営者保証などを見落とすと、クロージング後に大きなトラブルになります。

この記事では、株式譲渡の仕組み、手続、売り手・買い手別のメリット・デメリット、税金、契約書、デューデリジェンス、注意点を、M&A実務の視点から整理します。M&A手法全体の比較から確認したい場合は、M&Aの種類・手法（スキーム）も併せて確認してください。

執筆者：弁護士 坂尾 陽（企業法務・M&A担当）

株式譲渡とは

株式譲渡とは、売り手株主が対象会社の株式を買い手に譲渡し、買い手が株主としての地位を取得する取引です。M&Aでは、買い手が対象会社の株式を取得することで、対象会社の経営権、配当を受ける権利、議決権などを取得します。

株式譲渡では、会社の法人格は変わりません。対象会社の資産、負債、契約、従業員、許認可は、原則として対象会社に残ったままです。売り手株主が変わり、買い手が新たな株主になるという構造です。

会社全体を売却したい売り手や、対象会社の契約・従業員・許認可を維持したまま買収したい買い手にとって、株式譲渡は有力な選択肢です。ただし、不要な債務やリスクだけを切り離したい場合には、事業譲渡とは、会社分割とはも比較する必要があります。

株式譲渡で何％取得すると経営権を得られるか

株式譲渡では、何％の株式を取得するかによって、買い手ができることが変わります。単に「株式を買う」だけではなく、議決権割合、種類株式、拒否権、株主間契約、少数株主の有無を確認する必要があります。

中小企業M&Aでは、買い手が100％取得を希望することも多いです。少数株主が残ると、株主総会、配当、情報提供、将来の再編、追加売却で問題が残るためです。全株式を取得できない場合の対応は、スクイーズアウトとはで整理しています。

株式譲渡の手続の流れ

株式譲渡の流れは、取引の規模や株主構成によって変わりますが、中小企業M&Aでは、概ね次の順序で進みます。

1. 株主構成・定款・株主名簿の確認：誰が何株を持つか、譲渡制限の有無、株券発行会社かどうかを確認します。
2. 秘密保持契約・初期資料開示：買い手候補とNDAを締結し、基本情報を開示します。
3. 基本条件の交渉：譲渡株式数、価格、対象範囲、独占交渉、スケジュールを整理します。
4. 基本合意書・意向表明書：必要に応じてLOI又はMOUを締結します。
5. デューデリジェンス：法務、財務、税務、労務、ビジネス、IT等の調査を行います。
6. 株式譲渡契約書の作成・交渉：価格、前提条件、表明保証、補償、競業避止、解除、誓約事項を定めます。
7. 譲渡承認手続：譲渡制限株式の場合、会社の承認を取得します。
8. クロージング：代金支払、株式の移転、株券交付、書類交付、役員変更等を行います。
9. 株主名簿の書換え：譲受人を株主名簿に記載し、会社に対する対抗要件を整えます。
10. PMI・引継ぎ：経営、従業員、取引先、金融機関、システム、会計の引継ぎを進めます。

M&A全体の手順は、M&Aの流れを売り手・買い手別に解説で詳しく整理しています。株式譲渡では、早い段階で「譲渡できる株式か」「全株式を集められるか」「会社に主張できる形で名義書換できるか」を確認することが重要です。

譲渡制限株式の承認手続

非公開会社では、多くの会社が定款で株式の譲渡制限を定めています。譲渡制限株式の場合、株主が自由に第三者へ譲渡できるわけではなく、会社の承認を得る必要があります。

承認機関は、取締役会設置会社では取締役会が基本です。取締役会非設置会社では株主総会が基本ですが、定款で別の承認機関を定めていることがあります。まず定款を確認してください。

最高裁昭和48年6月15日判決は、譲渡制限株式について承認を得ない譲渡であっても、会社に対する関係では効力を生じない一方、譲渡当事者間では有効であると判断しました。つまり、売主と買主の間では契約が成立していても、会社に株主として扱ってもらえないことがあり得ます。

そのため、M&Aの株式譲渡契約書では、譲渡承認の取得をクロージングの前提条件にし、承認決議書、株主名簿書換請求、株券の扱いをセットで整備することが重要です。

株主名簿・株券発行会社の注意点

株式譲渡では、株式を譲り受けた買い手が会社に対して株主として権利を行使するために、株主名簿の書換えが重要です。株主名簿に記載されていないと、会社に対して株主であることを主張できない場面があります。

株主名簿の書換え

株式譲渡後は、譲渡人と譲受人が共同して、会社に対して株主名簿の書換えを請求するのが基本です。M&Aでは、クロージング時に株主名簿書換請求書、譲渡承認決議、株式譲渡契約書、本人確認資料、印鑑証明書などを揃え、同時に処理します。

名義書換が遅れると、議決権行使、配当、役員選任、将来の再譲渡、金融機関説明、株主総会運営で混乱が生じます。クロージング後に対象会社の株主名簿記載事項証明書を取得し、買い手が株主として記載されているか確認することも実務上有用です。

株券発行会社かどうか

会社法の下では株券不発行が原則ですが、古い会社や定款上株券発行会社となっている会社では、株券の扱いが問題になります。株券発行会社では、株券の交付が株式譲渡の効力に関係するため、実際に株券が発行されているか、紛失していないか、再発行手続が必要かを確認します。

最高裁令和6年4月19日判決は、株券発行会社の株式について、株券発行前にした株式譲渡は、譲渡当事者間では株券の交付がないことだけで効力が否定されるものではないと判断しました。また、株式の譲受人が、譲渡人の株券発行会社に対する株券発行請求権を代位行使できる場合があることも示しています。

もっとも、M&A実務では「当事者間では有効だから問題ない」と考えるのは危険です。買い手が会社に対して株主としての権利を確実に行使できる状態にするため、株券、譲渡承認、株主名簿をクロージング条件として管理する必要があります。

株式譲渡の必要書類

株式譲渡で必要となる書類は、会社の機関設計、譲渡制限の有無、株主数、株券発行会社かどうか、売主・買主の属性によって変わります。代表的な書類は次のとおりです。

株式譲渡契約書の主要条項やひな形利用の注意点は、株式譲渡契約書（SPA）とはで詳しく解説しています。

株式譲渡のメリット

株式譲渡には、売り手・買い手の双方にメリットがあります。ただし、同じメリットでも、対象会社の状況によって意味が変わるため、具体的な前提を確認する必要があります。

売り手側のメリット

買い手側のメリット

株式譲渡のデメリット・リスク

株式譲渡はシンプルに見えますが、会社に残るリスクを買い手が引き受ける構造です。売り手側も、表明保証違反や補償請求を受けるリスクがあります。

簿外債務・潜在債務を引き継ぐリスク

株式譲渡では、対象会社の負債は原則として対象会社に残ります。未払残業代、税務リスク、保証債務、訴訟、環境問題、未計上債務、退職給付、契約違反などが後から発覚すると、買い手は想定外の負担を負うことになります。

このリスクを減らすため、買い手はデューデリジェンスを行い、株式譲渡契約書に表明保証、補償条項、責任制限、特別補償、エスクロー、価格調整を設けます。簿外債務が発覚した場合の対応は、簿外債務とはを参照してください。

重要契約のチェンジ・オブ・コントロール条項

会社の法人格が変わらなくても、重要契約に「支配権の変更があった場合には事前承諾を要する」「通知を要する」「解除できる」といった条項がある場合があります。株式譲渡だから契約承継の同意は不要と決めつけると、主要取引先や金融機関との関係で問題になることがあります。

譲渡制限・少数株主・名義株の問題

株主が分散している会社では、全株主から株式を集められるか、相続人が確定しているか、名義株がないか、株券が存在するかを確認します。少数株主が残ると、株主総会、情報提供、将来の再編、追加買収で支障が出ることがあります。

経営者保証・借入金の整理

中小企業では、旧オーナーが金融機関借入の連帯保証人になっていることがあります。株式譲渡後も保証が残ると、売り手の引退・承継目的が達成できません。金融機関の同意、保証解除、買い手又は新経営者への保証切替、借換えをクロージング条件にすることを検討します。

売り手の表明保証違反リスク

売り手は、対象会社の株式、財務、税務、契約、労務、許認可、訴訟などについて表明保証を求められます。クロージング後に虚偽又は不正確な事項が発覚すると、補償請求や損害賠償請求を受ける可能性があります。表明保証違反の全体像は、表明保証違反とはで解説しています。

株式譲渡の税金

株式譲渡の税金は、売り手が個人か法人か、株式が上場株式等か一般株式等か、取得費が分かるか、譲渡費用があるかによって変わります。この記事では全体像にとどめ、具体的な計算は税理士等に確認してください。

株式譲渡では、事業譲渡と異なり、譲渡資産ごとの消費税や不動産取得税が問題になりにくい反面、株式価値、取得費、譲渡所得、法人税等の整理が重要です。税金の詳細は、株式譲渡の税金、M&A税務全体はM&Aの税金とはを確認してください。

株式譲渡契約書で確認すべき条項

株式譲渡契約書は、株式を売る契約書であると同時に、DDで見つかったリスクを誰が負担するかを定める重要書類です。単純な売買契約書のひな形を流用するだけでは、M&Aのリスクを十分にカバーできません。

株式譲渡契約書の詳しい条項、印紙、ひな形利用の注意点は、株式譲渡契約書（SPA）とはで解説しています。最終契約書全体の構造は、M&Aの最終契約書（DA）とはも参考になります。

株式譲渡で行うデューデリジェンス

株式譲渡では、買い手が対象会社を株主ごと引き継ぐため、対象会社に残っているリスクを把握するデューデリジェンスが特に重要です。DDで見つかった問題は、価格、前提条件、表明保証、補償、クロージング後の改善計画に反映します。

DDで問題が見つかった場合、必ずしも取引を中止する必要はありません。価格を調整する、補償条項を置く、クロージング前に是正する、特定リスクを売り手負担にする、事業譲渡へ切り替えるなど、対応方法を検討します。DDの全体像は、デューデリジェンス（DD）とはで確認してください。

株式譲渡と他のM&A手法の違い

株式譲渡は万能ではありません。事業譲渡、会社分割、第三者割当増資、株式交換などと比較し、自社の目的に合う手法を選ぶ必要があります。

株式譲渡と事業譲渡の具体的な比較は、株式譲渡と事業譲渡の違いで整理しています。第三者割当増資との違いは、第三者割当増資とはも参照してください。

株式譲渡でトラブルになりやすい場面

株式譲渡では、契約締結前には見えにくかった問題が、クロージング後に表面化することがあります。よくあるトラブルは次のとおりです。

既にトラブルが起きている場合は、契約書、DD資料、開示資料、議事録、メール、通知期限を早急に確認する必要があります。M&Aトラブルの全体像は、M&Aトラブル紛争の全体像、表明保証違反の初動は表明保証違反の事例と初動対応で解説しています。

よくある質問

株式譲渡とは何ですか？

株式譲渡とは、既存株主が保有する株式を買い手に売却し、買い手が株主として対象会社の支配権や経営参加権を取得する取引です。会社そのものは存続するため、契約、従業員、許認可、資産、負債は原則として対象会社に残ります。

株式譲渡の手続はどのくらいかかりますか？

株主が少なく、DDや金融機関対応が軽い案件では数週間から数か月で進むことがあります。一方、株主が分散している、許認可・重要契約・借入金・経営者保証がある、DDで問題が見つかる場合は、数か月以上かかることもあります。

株式譲渡に株主総会は必要ですか？

株式を売る株主と買う買い手の間の売買契約自体には、対象会社の株主総会が常に必要になるわけではありません。ただし、譲渡制限株式の場合、取締役会非設置会社では株主総会が承認機関になることがあります。また、役員変更、定款変更、組織再編などを同時に行う場合は別途株主総会が必要になることがあります。

株式譲渡で従業員の同意は必要ですか？

株式譲渡では、雇用契約の当事者である会社は変わらないため、従業員ごとの転籍同意は原則として問題になりにくいです。ただし、労働条件の変更、役員・キーパーソンの退職、就業規則、未払残業、退職金、従業員への説明は重要です。会社売却時の従業員対応は、会社売却で従業員はどうなる？も参考になります。

株式譲渡の税率は何％ですか？

個人株主が株式を譲渡して利益を得た場合、原則として申告分離課税の対象となり、所得税・住民税等を合わせて20.315％が問題になります。法人株主の場合は法人税等の対象になります。取得費、譲渡費用、損失、相続・贈与との関係で結論が変わるため、具体的な計算は税理士等に確認してください。

株式譲渡契約書に印紙は必要ですか？

株式譲渡契約書は、一般的な株式の譲渡契約であれば印紙税の課税文書に当たらないと整理されることが多いです。ただし、契約書の内容、事業譲渡契約との混在、債権譲渡、不動産、営業権、金銭消費貸借等の条項が含まれる場合は別途確認が必要です。

株式譲渡と事業譲渡はどちらがよいですか？

会社全体をそのまま移したい場合は株式譲渡が適しやすく、必要な事業だけを移したい場合や不要な債務を引き継ぎたくない場合は事業譲渡が適しやすいです。ただし、税金、契約、許認可、従業員、簿外債務、売却対価の受取人で結論が変わります。

まとめ

株式譲渡は、中小企業のM&Aでよく使われる基本的な手法です。会社の法人格を維持したまま株主を変えられるため、会社全体を売却・買収しやすい一方、対象会社に残る債務や契約リスクも引き継ぐことになります。

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